En los años que tiene de vigencia el Rally, ha provocado una serie de polémicas protestas desde ecologistas hasta derechos humanos, pues las categorías de motos: superproducción y marathon, quad, todoterreno, coches, camiones ha provocado una serie de muertes en accidentes, pero también la fuerte contaminación del ambiente y el ruido en las poblaciones por donde atraviesa la competencia internacional, genera protestas de entre los medio ambientalistas. Al parecer el costo de la carrera es muy alto.
Según los datos públicos, veinte participantes han muerto durante la disputa de alguna de las ediciones del Rally Dakar:
1979: Patrick Dodin, motorista, a causa de una caída.
1982: Bert Oosterhuis, motorista, a causa de una caída.
1983: Jean Noël Pineau, motorista, a causa de un atropello.
1986: Yasuo Kaneko, motorista, en un accidente.
1988: Kees Van Loevezijn, copiloto de camión, en un accidente.
1988: Patrick Canado, copiloto, en un accidente.
1991: Charles Cabannes, conductor de camión, por un disparo.
1991: Laurent Le Bourgeois y Jean Marie Sounillac, piloto y copiloto de coche, en un accidente.
1992: Gilles Lalay, motorista, por atropello.
1994: Michel Sansen, motorista, por una caída. 1996: Laurent Gueguen, conductor de camión, por una explosión producida al pisar una mina.
2003: Bruno Cauvy, copiloto de coche, en un accidente.
2005: José Manuel Pérez, motorista, por una caída.
2005: Fabrizio Meoni, motorista, por un paro cardíaco.
2006: Andy Caldecott, motorista, por una caída.
2007: Elmer Symonds, motorista, por una caída.
2007: Eric Aubijoux, motorista, por un paro cardíaco.
2009: Pascal Terry, motorista, por edema pulmonar.
El número de fallecidos se eleva por encima de la media centena si se añaden las muertes de otras personas, desde niños y mujeres de localidades africanas. Por ejemplo.
1982: Muere un niño maliense, que jugaba en la carretera, arrollado por un vehículo de la prueba.
1984: Una madre maliense muere y su hija resultó gravemente herida tras ser embestidas por un Range Rover que daba vueltas de campana, en Burkina Fasso.
1985: Muere una niña nigeriana al ser atropellada por un coche de la prueba. Otra niña de 10 años muere atropellada en Mauritania.
1988: Mueren atropellados una mujer y un niño en Mauritania. Muere una niña en la aldea maliense de Kitta. Dos niños y una mujer mueren atropellados en Malí, por un vehículo de asistencia del Rally Paris-Dakar.
1994: Muere un niño senegalés al ser arrollado por un vehículo de asistencia.
1996: Una niña guineana muere tras ser atropellada por el motorista francés Marcel Pilet (KTM).
1998: Cuatro personas mueren tras una colisión ocurrida al sur de la capital mauritana, entre un taxi y un vehículo de la prueba.
2006: Boubakar Diallo, un niño guineano de 10 años, muere atropellado entre Lobé y Tambacounda por un vehículo de la Prueba Lisboa-Dakar. Con Boubakar, fue la primera vez que la prensa publicó el nombre de una víctima "no piloto" del París-Dakar. Muere atropellado un niño senegalés, esta vez de 12 años de edad, entre Tambacounda y Dakar, por un camión de apoyo logístico en Senegal.
2009: Dos personas al colisionar un vehículo particular con un camión de asistencia en el tramo entre La Serena y Ovalle.
2010: La espectadora Natalia Sonia Gallardo, muere atopellada en cercanías de Alpa Corral en una zona irreglamentaria en la provincia de Córdoba, Argentina, por la camioneta Desert Warrior (número 418), conducida por el alemán Mirco Shultis y navegado por el checo Ulrich Leardi.
2011: Marcelo Reales, de 42 años, que manejaba un Rastrojero fue embestido por una Toyota Hilux número 410, conducido por el piloto Eduardo Amor, en un tramo de enlace en cercanías de la ciudad catamarqueña de Tinogasta. También dos trabajadores perdieron la vida mientras armaban una carpa.
